Endometriose is een ziekte die het gevolg is van het voorkomen van weefsel dat lijkt op baarmoederslijmvlies (endometrium) buiten de baarmoederholte. Dit weefsel zit dan op het buikvlies en/of andere organen in de onderbuik. Het groeit daar, het kan ook ingroeien en zorgt voor een chronische ontsteking met een scala van klachten. Bijvoorbeeld als endometriose in de darmwand zit kan het darmproblemen geven en pijn bij de ontlasting ontstaan. De chronische ontsteking zorgt voor verminderde vruchtbaarheid, die overigens ook het gevolg kan zijn van vergroeiingen en verklevingen van eileiders en eierstokken.
De oorzaak van endometriose is niet bekend, maar er zijn verschillende theorieën. Het is zeer waarschijnlijk dat er bepaalde genen verantwoordelijk zijn voor de ontwikkeling van deze ziekte. Vrouwen met een eerstegraads familielid met endometriose hebben een groter risico dat zij ook endometriose krijgen. Daarnaast spelen er ook andere gynaecologische factoren, omgevingsfactoren (milieu) en leeftijd van de eerste menstruatie een rol. Alhoewel het wetenschappelijk bewijs niet erg sterk is zou de blootstelling aan dioxines en PCBs invloed kunnen hebben op de symptomen.
Sommige studies laten een verband zien tussen endometriose en de ontwikkeling van eierstokkanker; alhoewel het verband niet bewezen is en het absolute risico voor vrouwen met endometriose is buitengewoon laag. Dat endometriose cellen naast kankercellen worden aangetroffen is niet het bewijs dat eerstgenoemde een voorloper is van kanker.
Ondanks dat endometriose gepaard gaat met (chronische) ontstekingen en immunologische stoornissen is het niet een bewezen autoimmuun ziekte.